Búsqueda de ORF
Con el fin de facilitar la búsqueda de genes en la secuencia que se dispone, el equipo de investigación realizó una predicción ab initio utilizando la herramienta “ORF Finder” y siendo conscientes de las limitaciones y ventajas que estas herramientas presentan como son la escasa detección de las secuencias UTR y la identificación de exones únicos y largos respectivamente.
En base a los criterios establecidos para considerar un ORF como un posible gen, se observan dos claros candidatos (en morado):
Figura 5.5 - Resultados obtenidos del ORF Finder en el que se observan las seis pautas de lectura obtenidas y en morado los dos genes candidatos.
Los dos genes candidatos se encuentran en pautas de lectura distintas, estando el primer gen candidato en la pauta de lectura +1 y el segundo en la -1. Ambos genes contienen la cantidad de 204 aminoácidos, siendo su secuencia nucleotidica y aminoácidica muy similar, lo cual, en base a las suposiciones realizadas en el procedimiento de ensamblaje respecto al cromosoma Y, era esperable.
Así pues, teniendo en cuenta estos datos, el equipo de investigación realizó un BLAST de ambos genes candidatos contra la base de datos teniendo la certeza de que el resultado a obtener sería el mismo gen para los dos:
- Gen SRY en Forward +1
- Gen SRY en Reverse -1
A continuación, con este conocimiento previo, el equipo de investigación realizó un BLAST de todo el contig contra la base de datos de manera que pudiese confirmarse el conocimiento logrado hasta el momento y profundizar en el mismo consiguiendo una información más exacta que la conseguida mediante la herramienta ab initio sobre la secuencia del gen y su localización en el contig.