Porcentaje de GC

A través del programa DNA Stats se ha calculado el contenido de nucleótidos de adenina, timina, citosina y guanina, tal y como se muestra en la tabla 3.1. Asimismo, se ha calculado el porcentaje en GC, que es la cantidad de pares guanina-citosina en la secuencia de DNA genómico que está siendo estudiado, dando como resultado un 43% frente al 57% que representa el contenido de AT.  

        Tabla3. 1. Contenido de G, A, T, C, GC y AT en el contig 3.

El porcentaje en GC es el parámetro que nos interesa porque los genes se suelen caracterizar por un contenido de GC mayor en comparación con el resto del genoma.  En concreto, los exones son las secuencias que presentan un elevado contenido de GC, mientras que los intrones presentan un contenido superior en AT. Aunque en el contig 3, el contenido de AT es superior al de GC, es necesario profundizar para averiguar si realmente existe algún gen en el contig.

Posteriormente, tras localizar los dos genes (DDX53 y DUSP21) que se encuentran en el contig, se ha calculado este mismo parámetro para los exones que los forman. De esta manera, se ha obtenido la tabla 3.2. Por contrario a lo que se supone que se debería cumplir, el porcentaje de GC no necesariamente tiene porqué ser mayor en los exones que en los intrones, como se demuestra en este caso.