Primers

Si se desean estudiar las variaciones que se han encontrado en la región 3'UTR del gen DDX53, es necesario amplificar dicha secuencia. Se suele realizar una PCR con objeto de obtener un gran número de copias de ese fragmento inicial. Para realizar esta técnica, entre otros se necesitan un par de cebadores o primers que permitan que la polimerasa inicie la reacción.

A la hora de diseñar los primers se ha utilizado una herramienta de Biotools, la cual te muestra tres pares de primers para la secuencia que quieras. En este caso se desea amplificar un fragmento de unas 1000 bases que se localiza en la 3'UTR, por lo que los primers que se han elegido han sido los siguientes, que aparecen en la figura 3.13:

• Left primer: AAAGTTGTACCAGGCTACTGGA                       Longitud: 22bp, Tm=59°C, %GC=45,5
• Right Primer: TTAGTACAACTATTTTAAAGCCAGA               Longitud: 25bp, Tm=45,5°C, %GC=28

Hay que tener en cuenta que a la hora de diseñar los cebadores es aconsejable que tengan 18 nucleótidos, un porcentaje mayor del 50% de guanina-citosina (para que sea más estable) y que la temperatura de fusión sea la más próxima posible entre los dos cebadores y por encima de 50°C para que la interacción sea más específica. Por dichas razones se ha elegido este par de cebadores es el que mejor se ajusta a ellas, aunque el porcentaje de GC sea inferior de 50%.