Búsqueda de ORF

Con objeto de localizar los genes en la secuencia del contig se realiza una búsqueda de ORF (Open Reading Frame) con el programa ORF Finder, el cual nos proporciona las seis posibles pautas de lectura. 

Como resultado aparecen muchos ORF en cada pauta de lectura (figura 3.2). Tal y como se ha decidido se han elegido los ORF de mayor tamaño y para verificar que existía un gen se ha realizado un Blast. De esta manera, se ha comprobado la existencia de dos genes (que son los que aparecen marcados de color rosa en las figura 3.2):

  • DDX53 en la pauta de lectura +3
  • DUSP21 en la pauta de lectura +2

Adicionalmente, se ha realizado un Blast del contig entero para corroborar los genes encontrados de esta otra manera. Por tanto, estos genes son los que se van a estudiar en los siguientes apartados. 

Figura 3.2. Seis posibles pautas de lectura para el contig 3. El orden de arriba abajo es el siguiente: +1, +2, +3, -1, -2 y -3. Todos los ORF encontrados por el programa están en color verde. El ORF del gen DDX53 es el marcado en color rosa en la pauta +3 y el ORF del gen DUSP21 es el marcado en color rosa en la pauta +2.