Búsqueda de ORF
En el siguiente paso realizaremos la búsqueda de genes dentro de nuestro contig, para ello se empleara el programa ORF finder. Este programa presenta los posibles ORF a partir de las 6 pautas de lecturas posiblesComo se puede observar en la imagen el programa encuentra 27 ORFs distintor en el contig. Para ver si alguno de ellos corresponde con algun gen conocido se utiliza la herramienta BLAST (Basic local aligment).
Figura 1. 2. Resultado obtenido del ORF finder, donde aparecen las 6 pautas posibles de lectura. Morado se ve el gen identificado por el BLAST, mientras que en azul los posibles ORFs.
De acuerdo con los resultados obtenidos de Blast el ORF5, coincide con un alineamiento del 98% y con una identidad del 98% con el Gen AGAP007028 de Anopheles gambiae. Para corroborar esta informacion se realiza un alineamiento del contig entero contra la base de datos del BLAST. Obteniendose el mismo resultado.